מכירת נחלה עשויה לכלול תשלומי מיסים שעשויים להיות גבוהים במיוחד ובנחלות באזורים מסוימים בארץ אף להגיע ל45%-50% מס, לכן רבים מבעלי הנחלות נמנעים מלבצע עסקאות מכירה. עם זאת תכנון מיסוי נכון עשוי להקטין באופן משמעותי את החיובים.
בשונה מנכס בעיר בו היכולת לחזות ולתכנן את גובה המיסים שהמוכר ישלם עבור מכירת הנכס פשוטה יחסית, במגזר הכפרי מכירת נחלה מצריכה ידע מעמיק מעורך הדין המבצע את העסקה וזאת עקב כך שישנם תשלומים ומיסים ייחודיים שחלים רק במכירת משק, לדוגמא, דמי רכישה למנהל, מס רכישה עבור היוון הנחלה, חובות עבר לסוכנות היהודית ומע"מ עבור רכיב השטח החקלאי, עם זאת תכנון נכון מאפשר להשיג הפחתה משמעותית במס לתשלום.
דוגמא לדרך אחת להפחתת מס השבח היא באמצעות ניכוי הוצאות תשלומים כגון דמי ההסכמה, דמי הרכישה, שכר טרחת עורך דין, דמי תיווך והשקעות שהושקעו במשק. שיעורי מס השבח אינו אחיד בכל נחלה והוא תלוי בתאריך ושווי רכישת הנחלה או במועד קבלתה בהורשה או במתנה.
כמו כן, יש לציין כי עבור מס השבח אשר חל על המוכר מתבצע חישוב נפרד עבור בית המגורים שווי השטחים החקלאיים וזכויות הבניה הבלתי מנוצלות הקיימות בנחלה, עניין אשר גם לו יכול ותהיה השפעה על גובה המס לתשלום.
עניין נוסף אליו יש להתייחס במכירת נחלה הוא מספר הבתים הבנויים בנחלה, במידה וישנם שני בתים, יחול מס שבח על הבית הנוסף, עם זאת, גם לעניין זה ניתן יהיה לבצע תכנון מס מתאים בבתי המגורים, עניין שיכול להפחית משמעותית את גובה המס.
היטל נוסף אותו יש לקחת בחשבון, הוא היטל השבחה וזאת במידה וישנה תוכנית מתאר חדשה שמעלה את זכויות הבניה בנחלה. גובה ההיטל יהיה מחצית משווי עליית הערך של הנחלה על אף. קיומה של תוכנית מתאר ניתן יהיה להשיג על גובה היטל ההשבחה במידה והזכויות שהקנתה תוכנית מתאר החדשה אינן יישימות בנחלה עקב מגבלות אובייקטיביות. כמו כן ישנם מקרים בהם ניתן יהיה לקבל פטור מההיטל ההשבחה ועורך הדין שמבצע את העסקה צריך להכיר זאת.
